Os concelhos abrangidos por esta área de intervenção são os de Almodôvar, Serpa, Beja (sudeste), Mértola (sub-região do Baixo-Alentejo, distrito de Beja), Loulé, Castro Marim e Alcoutim (região do Algarve, distrito de Faro).
As freguesias englobadas são: Almodôvar, Santa Cruz e Senhora da Graça de Padrões (Almodôvar), São Pedro de Solis, São Sebastião dos Carros, Espírito Santo, São Miguel do Pinheiro, São João dos Caldeireiros, Corte do Pinto, Santana de Cambas, Alcaria Ruiva, Mértola (Mértola), Cabeça Gorda, Salvada, Quintos (Beja), Santa Maria, Salvador (Serpa), Azinhal, Odeleite (Castro Marim), Martim Longo, Giões, Pereiro, Alcoutim (Alcoutim) e Ameixial (Loulé).
O Parque Natural do Vale do Guadiana, com 69.773 ha de área, foi classificado em 1995 como área protegida de forma a preservar os seus valores faunístico, florístico, geomorfológico, paisagístico e histórico-cultural e promover o desenvolvimento sustentado da região, face à ameaça do progressivo desaparecimento dos sistemas tradicionais de utilização do solo. Trata-se de uma área paisagísticamente diversa, com planícies de culturas extensivas de sequeiro, áreas de esteval, montados de azinho, matagais Mediterrânicos, elevações quartzíticas e imponentes vales encaixados que acompanham o rio Guadiana e os seus afluentes.
Esta área protegida abrange os concelhos de Mértola e Serpa num troço de rio que se estende desde o Pulo do Lobo (a montante) até à foz da ribeira de Vascão, fronteira entre o Alentejo e o Algarve, onde nasce a Serra do Caldeirão, sobrepondo-se quase totalmente à ZPE Vale do Guadiana e parcialmente ao SIC Guadiana.
Áreas da Rede Natura 2000 onde o projecto tem actuação:
ZPE Vale do Guadiana
SIC Guadiana