Código da Rede Natura: PTCON0036
O Sítio de Importância Comunitária do Guadiana, com 39.257 ha de área, é uma área maioritariamente ribeirinha, incluindo o Rio Guadiana e muitos dos seus afluentes, onde vales encaixados rodeados por escarpas albergam uma flora Mediterrânica muito diversa. Aqui a paisagem é caracterizada por um mosaico de planícies onde os matagais (dominados por Cistus sp), os montados de azinho (Quercus rotundifolia) e os matagais arborescentes de zimbro Juniperus turbinata ssp. turbinata se encontram intercalados com extensas culturas de cereais e alguns olivais tradicionais, embora pouco produtivos, pois os solos (maioritariamente xistosos) são pobres e inadequados para a agricultura. As características da paisagem, associadas à topografia da região, contribuem para uma reduzida presença humana. Consequentemente, a flora tem uma maturidade ecológica elevada, havendo espécies endémicas ameaçadas com um elevado valor de conservação, como a borrazeira-branca (Salix salvifolia ssp. australis), o trevo-de-quatro-folhas (Marsilea batardae) e o tomilho-do-mar (Thymus camphorates). Outras espécies comuns neste tipo de paisagem são o loendro (Nerium oleander), a tamargueira (Tamarix africana) e o tamujo (Securinega tinctoria).
O Rio Guadiana e alguns dos seus afluentes (Ribeiras do Vascão, Oeiras, Terges/Cobres) são considerados como tendo um grande valor para a conservação da natureza, constituindo um importante corredor para muitas espécies terrestres e aquáticas. Neste Sítio ocorrem dez endemismos ibéricos de peixes de água doce como, por exemplo, o saramugo (Anaecypris hispanica), o barbo-de-cabeça-pequena (Barbus microcephalus) e a boga-do-Guadiana (Chondrostoma willkommii), sendo estas espécies endémicas da Bacia do Rio Guadiana.
Estes ecossistemas albergam ainda uma rica diversidade de anfíbios (13 espécies), répteis (20 espécies) e mamíferos – neste Sítio ocorrem muitas espécies de morcegos com um importante valor ecológico, como é o caso do morcego-rato-grande (Myotis myotis) e do morcego-de-ferradura-pequeno (Rhinolophus hipposideros); junto às linhas de água, são comuns as observações de lontra (Lutra lutra) e existem vários registos de ocorrência de gato-bravo (Felis silvestris).
O Sítio do Guadiana também faz parte da área de ocorrência histórica do lince-ibérico (Lynx pardinus) e de um corredor de áreas prioritárias para a sua conservação, mantendo algumas áreas com habitat potencial que podem ser melhoradas de forma a terem novamente condições para a ocorrência da espécie.