Código da Rede Natura: PTZPE0047
A Zona de Protecção Especial do Vale do Guadiana tem uma área de 76.547 ha e é paisagisticamente marcada por planícies onde se destacam as formações quartzíticas das serras de S. Barão e de Alcaria e os vales escarpados da bacia hidrográfica do Rio Guadiana. Nesta área dominam as áreas de cultivo extensivo de cereal, matos, montados de azinho (Quercus rotundifolia) e áreas florestadas. Os vales escarpados do Guadiana proporcionam condições de excelência para a nidificação de um importante e diverso grupo de aves rupícolas, como por exemplo a águia-de-Bonelli (Aquila fasciata), a cegonha-preta (Ciconia nigra), a águia-real (Aquila chrysaetus) e o bufo-real (Bubo bubo). A importância desta ZPE estende-se também às aves estepárias, albergando a única colónia urbana de Portugal de peneireiro-das-torres (Falco naumanni), na vila de Mértola, importantes núcleos reprodutores de abetarda (Otis tarda) e uma das populações mais significativas de cortiçol-de-barriga-preta (Pterocles orientalis). São também várias as espécies de aves migratórias que utilizam o vale como um corredor e a sua vegetação rípicola como refúgio.
Esta é ainda uma importante área para o abutre-preto (Aegypius monachus), cujo registo histórico é muito semelhante ao da ZPE de Mourão/Moura/Barrancos. Os avistamentos de exemplares desta espécie são frequentes ao longo do ano, o que está relacionado com a qualidade do habitat aqui presente e com a proximidade a colónias espanholas de abutre-preto, fazendo da ZPE do Vale do Guadiana uma área potencial para o futuro estabelecimento de uma colónia na região, contribuindo para a conservação da espécie.